在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環(huán)境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環(huán)氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。

無塵無菌車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。

無塵無菌車間一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間?？梢杂冒宀暮筒ＡЫㄔ?。面積不宜過大，約4 ~5 平方米即可，高2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無塵無菌車間和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。

在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，還要保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現(xiàn)象，在微生物學中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。