醫(yī)藥潔凈工程史上的初個潔凈室建于1966年在美國，當時已有實驗證明，一定量的空氣微粒進入到人體血液中會引發(fā)一系列的并發(fā)癥，所以該潔凈室主要用于醫(yī)院的外科手術室工程。手術環(huán)境解決后，人們又把目光轉移到制藥工程上，因為含有的一旦進入人體，也會引起人體的病變反應，所以制藥潔凈室工程的建立也被劃入了醫(yī)學研究范圍。

醫(yī)藥潔凈室工程中的潔凈室還常用在護理病房中，護理病房在以前只是采用定期和禁止外人進出的措施來減少病菌，這種方法有一定效果，但并不完善。所以后來人們想營造出類似手術室工程中的無菌空間來作為護理室，的確這樣操作后，被隔離的病人出現(xiàn)感染的概率大大降低了。依據病人生病的嚴重程度，潔凈室工程中護理室也分為好幾個等級，不同級別的空氣潔凈度等級不一樣，醫(yī)生在安排時可依據病人的實際狀況來進行分配。

醫(yī)藥潔凈工程的工藝布置應防止人與物流之間的混合交叉污染。首先，要將人員和其它物品進出生產區(qū)域的通道分開設置，比較容易被污染的材料（如一些原材料和輔助材料，生產中產生的廢渣等）可以設置專門特殊入口。為加快生產效率，潔凈車間之間的貨物路線的布置要盡可能短。醫(yī)藥潔凈工程布局的生產作業(yè)區(qū)間內只應安置必要的工藝設備， 用作生產和儲存的區(qū)域不得用作該區(qū)域以外工作人員的出入道路。運輸人或者物品的電梯應分開，且不可設置在潔凈車間內。

醫(yī)藥潔凈工程在符合生產工藝基本條件的前提下，為了達到加大凈化效果、節(jié)約能源的目的，具有空氣凈化要求的房間應做特殊的布置。.空氣清潔度高的潔凈車間應放置在人員較少的地方，并布置在空調機房的旁邊。由內到外的空間布局應與該空間對環(huán)境空氣潔凈度要求由高到低相對應，對潔凈度要求相同的潔凈車間應相對集中，防止等級不同的車間之間互相污染。