無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨(dú)立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實(shí)驗(yàn)室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設(shè)一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進(jìn)雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進(jìn)行研究。

吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。

接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養(yǎng)物。

帶有菌液的吸管，試管，培養(yǎng)皿等器皿應(yīng)浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內(nèi)，24小時后取出沖洗。

凡帶有活菌的物品，必須經(jīng)后，才能在水下沖洗，嚴(yán)禁污染下水道。

在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，還要保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進(jìn)行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現(xiàn)象，在微生物學(xué)中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學(xué)工作中十分關(guān)鍵的技術(shù)。

無菌室內(nèi)的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應(yīng)該處于水平狀態(tài)。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進(jìn)入無菌室應(yīng)穿滅過菌的服裝，戴帽子。