無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。

供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。

每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。

一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經(jīng)過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。

當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內(nèi)的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。

在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內(nèi)部操作，箱內(nèi)部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。 [1]