在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，還要保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現(xiàn)象，在微生物學(xué)中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學(xué)工作中十分關(guān)鍵的技術(shù)。一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術(shù)的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經(jīng)過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學(xué)中，有許多措施。

一般微生物檢測按照實驗室行業(yè)要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。

隨著社會科技發(fā)展，國家越來越重視食品問題，無菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無菌室凈化工程，將超凈工作臺放置于無菌室內(nèi)操作，使實驗環(huán)境更加潔凈，實驗樣品不易于被污染。

無菌室外源性污染源，主要是通過門和無菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關(guān)鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出無菌室設(shè)置相應(yīng)的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來的通道等。無菌室內(nèi)的污染源，主要來自于無菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設(shè)備，通常無菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度差的區(qū)域，也是無菌技術(shù)中重要的控制內(nèi)容。

無菌室內(nèi)天花板應(yīng)與風(fēng)管、管道、燈具、風(fēng)口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易于清洗。無菌室的門窗材料應(yīng)選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結(jié)構(gòu)的雙層窗，既節(jié)約空間、又節(jié)約能源，還可以避免玻璃窗結(jié)露引起霉變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利于清潔工作。