無菌室內(nèi)的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態(tài)。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。

無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。

一般微生物檢測按照實驗室行業(yè)要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。

隨著社會科技發(fā)展，國家越來越重視食品問題，無菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無菌室凈化工程，將超凈工作臺放置于無菌室內(nèi)操作，使實驗環(huán)境更加潔凈，實驗樣品不易于被污染。

無菌室外源性污染源，主要是通過門和無菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出無菌室設置相應的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來的通道等。無菌室內(nèi)的污染源，主要來自于無菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設備，通常無菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度差的區(qū)域，也是無菌技術中重要的控制內(nèi)容。