無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。

為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執(zhí)行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。

須將通向外界的管路、門窗和通風道四周的空隙完全充填，所有窗戶、通風口和風機開口均應裝上防護網(wǎng)。

無菌實驗室的高度應能滿足工藝、衛(wèi)生要求，以及設備安裝、維護、保養(yǎng)的需要。

由于潔凈實驗室-生物實驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調節(jié)系統(tǒng)，保持潔凈實驗室-生物實驗室的相對負壓環(huán)境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴散。

空氣調節(jié)系統(tǒng)必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節(jié)約能源與資源，保證環(huán)境的質量和，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。同時它還必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統(tǒng)是重點，對于保證實驗室相對負壓環(huán)境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。