無菌工作區(qū)有用無菌操作臺，沒有的話也可以用潔凈工作臺代替。需要放置在離門遠的地方。

無菌實驗室設計的地面應使用、不滲水、不吸水、防滑、無裂隙且易于清洗的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。

屋頂和天花板應選用不吸水、表面光潔、、防霉、耐腐蝕、易清潔的淺色材料覆涂。

食品及食品接觸面暴露的上方不應設有蒸氣、水、電氣等輔助管道，以防止灰塵或冷凝水等落入。

實驗室布局按照要求合理地劃分成清潔區(qū)、半污染區(qū)和污染區(qū)，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散;實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物實驗室始終處于相對密封的環(huán)境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔，同時避免外部對實驗室環(huán)境的破壞。

由于潔凈實驗室-生物實驗室內(nèi)操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環(huán)境具有危害，必須通過采用合理的空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)，保持潔凈實驗室-生物實驗室的相對負壓環(huán)境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內(nèi)危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴散。