無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

無菌工作區(qū)有用無菌操作臺，沒有的話也可以用潔凈工作臺代替。需要放置在離門遠的地方。

無菌實驗室設計的地面應使用、不滲水、不吸水、防滑、無裂隙且易于清洗的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。

實驗室布局按照要求合理地劃分成清潔區(qū)、半污染區(qū)和污染區(qū)，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散;實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物實驗室始終處于相對密封的環(huán)境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔，同時避免外部對實驗室環(huán)境的破壞。

空氣調節(jié)系統(tǒng)必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節(jié)約能源與資源，保證環(huán)境的質量和，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。同時它還必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統(tǒng)是重點，對于保證實驗室相對負壓環(huán)境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。