無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

無菌實驗室設(shè)計的各項建筑物應(yīng)堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內(nèi)包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結(jié)構(gòu)。

為防止交叉污染，應(yīng)分別設(shè)置人員通道及物料運輸通道，人員通道應(yīng)按潔凈室通道要求（參考上圖）嚴格執(zhí)行，各通道應(yīng)裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設(shè)施。

無菌工作區(qū)有用無菌操作臺，沒有的話也可以用潔凈工作臺代替。需要放置在離門遠的地方。

無菌實驗室設(shè)計的地面應(yīng)使用、不滲水、不吸水、防滑、無裂隙且易于清洗的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應(yīng)有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。

無菌實驗室采光、照明設(shè)施

無菌實驗室應(yīng)有充足的自然采光或人工照明，加工場所工作面的混合照度不應(yīng)低于300lx，配料及灌裝車間不應(yīng)低于800lx。