財務(wù)軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務(wù)軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

代理記賬單位通常是定期或定時上門服務(wù)，日常業(yè)務(wù)可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業(yè)務(wù)

個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質(zhì)（市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等），發(fā)生問題可以回避責(zé)任，損害委托單位的利益。這也是小企業(yè)在選擇代賬服務(wù)公司時必須要注意的事項。

納稅人因住所、經(jīng)營地點變動，涉及改變稅務(wù)登記機關(guān)的，應(yīng)當在向工商行政管理機關(guān)或者其他機關(guān)申請辦理變更或者注銷登記前或者住所、經(jīng)營地點變動前，應(yīng)向原稅務(wù)登記機關(guān)申報辦理注銷稅務(wù)登記，并在30日內(nèi)向遷達地稅務(wù)機關(guān)申報辦理稅務(wù)登記。

納稅人在《外管證》注明地銷售貨物的，除提交以上證件、資料外，應(yīng)如實填寫《外出經(jīng)營貨物報驗單》，申報查驗貨物。

納稅人外出經(jīng)營活動結(jié)束，應(yīng)當向經(jīng)營地地方稅務(wù)機關(guān)填報《外出經(jīng)營活動情況申報表》，并結(jié)清稅款、繳銷發(fā)票。

納稅人應(yīng)當在《外管證》有效期屆滿后10日內(nèi)，持《外管證》回原稅務(wù)登記地稅務(wù)機關(guān)辦理《外管證》繳銷手續(xù)。