據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設(shè)置165個(gè)臨床、醫(yī)技科室，233個(gè)護(hù)理單元，擁有8個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、20個(gè)省部級(jí)及全軍重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、33個(gè)全軍醫(yī)學(xué)專科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項(xiàng)專業(yè)優(yōu)勢(shì)。同時(shí)是全軍重癥監(jiān)護(hù)示范基地和中華護(hù)理學(xué)會(huì)的培訓(xùn)基地。設(shè)有國(guó)際醫(yī)學(xué)中心和健康醫(yī)學(xué)中心，提供高端預(yù)防保健服務(wù)。醫(yī)院年門(mén)急診量490余萬(wàn)人，收容19.8萬(wàn)人，手術(shù)近9萬(wàn)例。

為節(jié)約患者在北京醫(yī)院掛號(hào)排隊(duì)等候的時(shí)間，特開(kāi)通北京醫(yī)院代掛號(hào)服務(wù)，預(yù)約北京三甲醫(yī)院的專家和以下醫(yī)院掛號(hào)：北京301醫(yī)院代掛號(hào)，北京大學(xué)醫(yī)院代掛號(hào)，北京兒童醫(yī)院代掛號(hào)，北京協(xié)和醫(yī)院代掛號(hào)，北京同仁醫(yī)院代掛號(hào)，北京宣武醫(yī)院代掛號(hào)，北京腫瘤醫(yī)院代掛號(hào)，北大口腔醫(yī)院代掛號(hào)，北京婦產(chǎn)醫(yī)院代掛號(hào)

2019年7月由科技部、國(guó)家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準(zhǔn)依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心成立國(guó)家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。研究中心整合國(guó)內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對(duì)慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個(gè)階段的大隊(duì)列，同時(shí)建立標(biāo)準(zhǔn)化的生物樣本庫(kù)、臨床診療信息庫(kù)及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個(gè)病程的資源平臺(tái)，終建立我國(guó)規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫(kù)整合平臺(tái)，形成專業(yè)的管理團(tuán)隊(duì)，為建立符合我國(guó)人群特點(diǎn)的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

先后牽頭并主持承擔(dān)了國(guó)家重大課題330多項(xiàng)。獲國(guó)家發(fā)明專利50余項(xiàng)。獲得新藥證書(shū)7項(xiàng)、診斷試劑生產(chǎn)批件13項(xiàng)、軍隊(duì)制劑批件43項(xiàng)。發(fā)表病毒性肝炎相關(guān)SCI論文800篇（IF≥10論文24篇）。依靠協(xié)同創(chuàng)新網(wǎng)絡(luò)推廣普及病毒性肝炎相關(guān)知識(shí)。一方面緊密瞄準(zhǔn)解決臨床問(wèn)題“接地氣”的宏偉目標(biāo)，組織開(kāi)展國(guó)際化、高質(zhì)量的多中心臨床研究，取得具有重大臨床指導(dǎo)意義的創(chuàng)新性成果，另一方面創(chuàng)新國(guó)際交流與合作模式，與世界大學(xué)、研究院所、醫(yī)療機(jī)構(gòu)和跨國(guó)企業(yè)等建立戰(zhàn)略合作伙伴關(guān)系，獲得具有“高大上”特性的科研成果，提高學(xué)術(shù)水平和地位。