曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術(shù)會議，編著多部風濕病學專著，同時結(jié)合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內(nèi)科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛(wèi)生部住院醫(yī)師培訓基地、風濕免疫科專科繼續(xù)教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養(yǎng)單位，為全國培養(yǎng)了大量風濕病學的專業(yè)人才。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數(shù)十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內(nèi)多中心臨床研究以及高質(zhì)量單中心臨床研究，發(fā)表數(shù)百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術(shù)專著多部。為開展具有管理科學、規(guī)范的、符合國際一 流水平的全國大規(guī)模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術(shù)獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。