北京兒童醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點學(xué)科兒科學(xué)，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點?？?，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會兒科學(xué)分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學(xué)會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學(xué)科龍 頭作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年牽頭組建北京兒童醫(yī)院集團，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務(wù)全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

多年來，為方便患者就醫(yī)，北京兒童醫(yī)院始終堅持24小時接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進預(yù)約掛號工作，優(yōu)化服務(wù)流程，改善患者就醫(yī)體驗，受到國家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫(yī)院還承擔(dān)了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災(zāi)支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務(wù)。

北京兒童醫(yī)院精神科一直堅持心理健康應(yīng)該從娃娃抓起。在兒童心理健康領(lǐng)域做了大量探索的工作，其中以腦與認知神經(jīng)科學(xué)為主。先后承擔(dān)和參與了一系列重大的兒童神經(jīng)發(fā)育領(lǐng)域的科研項目。