北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護士1325人，醫(yī)技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科學(xué)奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學(xué)開創(chuàng)者胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學(xué)基金獲得者等眾多高層次人才。

醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務(wù)，大力弘揚“公慈勤和”院訓(xùn)精神，涌現(xiàn)出全國道德模范、全國共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅持公益，始終“關(guān)注兒童、關(guān)注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務(wù)、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設(shè)置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設(shè)置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。